1.基本的な方法

　アップグレード版だと、インストールディスクというものは付属してないので、DOSのシステムとCD-ROMドライブのドライバをもった起動ディスクが必要です。

　MS-DOSのシステムディスク、または他機種（といってもNEC98用）Windows98起動ディスクを用意します。そこからハードディスクをフォーマットし、システム転送します。コマンドはformat b: /sです。bの部分は環境にあわせて、インストールしたいディスクに直してください。
　ちなみに5.0や6.2のDOSのフォーマットコマンドはわかりやすくていいのですが、2GBオーバーのパーテイションを作れないしFAT16だしといろいろ問題があります。
　つぎに、起動ドライブにconfig.sysとautoexec.batを作ります。CD-ROMドライブを認識させる記述を加えたらフロッピーを抜いて再起動します。
　再起動したら、CD-ROMドライブからsetupコマンドを実行します。アップグレード版だと、途中でアップグレードに対応したファイルがハードディスクにない旨のことが表示されますので、途中でもとのWindows95のCDを入れ、メディア認識させてください。再びWin98のディスクに戻すよう促され、インストールが進行します。

2.Cabsセットアップ

　この掲示板の下のほうの質問（12701）に紹介させていただいた、Cabsセットアップ。いろいろと便利なので慣れてきたらこちらのほうがおすすめです。旧Windowsのメディア検証については、1と同様に行ってください。

自己レスです

＞または他機種（といってもNEC98用）Windows98起動ディスク

　ライセンス問題があるので、「一時的に他の機械を使って作った」と理解してください。もちろんおなじCDを使ってインストールしたWindows98が2台の機械で動くということではないです。念のため・・・

またいつものコレですが、ご一読ください。ただ、今回の質問の場合、Ｗｉｎ９８の起動ディスク（アプリケーションの追加と削除で作成するヤツ）が必要だと思うので、一度Ｗｉｎ９５（ｏｒ３．１）からの上書きインストールを始め、インストール途中で起動ディスクの作成ができるので、そこで作成して、インストールを中止し、下記ＨＰやイイセミさんのやり方を参考にすればスムーズにいくと思います。Ｘａ１２の標準のままのＣＤ−ＲＯＭなら、「上記ドライバで使用不可のＣＤ−ＲＯＭ」を選択すれば大丈夫のはずです。また、起動ＨＤのＣＯＮＦＩＧを書くのが面倒ならば、Ｗｉｎ９８ＳＥ＿ＣＤ−ＲＯＭの￥ＷＩＮ９８Ｎフォルダと一緒に、Ｗｉｎ９５のインストール用フォルダ（Ｗｉｎ９５ＣＤ−ＲＯＭなら￥ＷＩＮ９５、バックアップＣＤ−ＲＯＭなら、WINDOWSOPTIONSCABS）も一緒にＨＤにコピーしておけば、メディア検証時にそのフォルダを指定すればＯＫです。

http://www.pluto.dti.ne.jp/~kouiti/setup.htm

くわしい説明ありがとうございます。
上記のところで、起動FDからHDをフォーマットするときに　format b: /sとありましたが、ここでどうしてもエラーが出ます。ある本でPC98のHDフォーマットコマンドはformat /hと書いてありましたが、こちらでないとだめなのでしょうか？format /h 後再起動してFDのファイルをすべてHDにコピーしたのですが、システムを認識せず起動しません。これはPC98ならではなのでしょうか？

format b:とsys b:に分け手もダメですか。

>ここでどうしてもエラーが出ます
エラーが出るとだけではなく、こういうエラーが出ますと具体的にエラー内容を言ったほうが助言を受けやすいですよ。

推測としてはカレントディレクトリにformatコマンドがないようなエラーが出てるのかな？

その前に、ＦＤＩＳＫコマンドを使いましたか？
領域確保＆ブート指定をしないと、フォーマットしてもシステムの転送も出来ません。
恐らく、エラーメッセージは「システム領域が有りません」では無いですか？

ＣＤ−ＲＯＭを認識させるようにして起動すると、ＦＯＲＭＡＴ　／Ｓはコンベンショナルメモリの不足で実行不可です。ＦＯＲＭＡＴ時は「ＣＤ−ＲＯＭを使用しない」で起動してください。