ちょっと気になる点が・・・Ａｐ２に付く３．５インチ内蔵ＦＤＤは、
ＮＥＣ純正のＦＤ−１１３８ＴかＦＤ−１１４８Ｔ（いずれも２６ピン）しか無かったと思うのですが。
恐らくＡＴ用と思われるサムスンのＦＤＤが悪さをしているのでは？
ジャンパを右側（１ＦＤＤ仕様）にしてから二基目のＦＤＤを外し、
配線の後改めてＦＤＤのＩＦと外付けＦＤＤを接続して見て下さい。
これで動けば、サムスンのＦＤＤが犯人です。

アドバイスありがとうございます。
しかし・・・大変申し訳ございません。
今チェックしたところ、FDDは両方ともFD-1138Tでした。SAMSUNGはHDDでした・・・・
というわけでおっしゃって頂いた可能性は無くなってしまいました。
後は外付けFDDに使っているケーブルもちょっと怪しいのです。
友人からもらったものが丁度コネクタ形状が合ったので使ってしまいましたが、
もしかしたらSCSIケーブルなのかもしれません(^^;
また、先ほど内蔵１、外付け１で起動してみたところ、やはりダメでした・・・

とりあえずA2-E02とAp2のM/B上のコネクタとの接続ケーブルが外れかけていないか
確認してみてください。

外付FDD用ケーブルとアンフェノールフルピッチSCSIケーブルは同じ物（というか，お互いに使い回せる）です．

FDDケーブルとフルピッチのSCSIケーブルは、厳密には違う物です。具体的には、流すことのできる信号の周波数に大きな差があります。
SCSI-1な機器しか接続しないならあまり問題は出ないですが、SCSI-2の環境に混在させるとトラブルの元になります。
あと、9801の時代に出た一部の外付け3モードFDD用ケーブルは中の配線が違うので、使い回すと接続した機器が壊れます。
結論としては、正体不明のケーブルは使わない方が無難です。

皆様、色々なアドバイスをして頂きありがとうございます。

＞HENLIさん
確認してみました。
特に接続がゆるんでいるとかそういうことはありませんでした。
念のため一旦抜いて、再度差し直してみましたが結果は変わりませんでした。
あのケーブルは内蔵、外付け共用のものなのでしょうか？
もし共用ならば、そのケーブルが原因の場合は内蔵にも影響が出るのはないかと思うのですが・・・
もし上記について何か知っておられましたら教えて下さい。

＞総額7600円さん、YUさん
ケーブルは「似てはいるけど厳密には違う」ということなのですね。
一応A2-E02にはFDD類しか繋がっていないので、動く可能性が無いわけではないと解釈しました。
しかし、中の配線の違うケーブルもあるということですので、
新規に探して来た方が良いようですね(^^;
ご意見ありがとうございました。

これでケーブルを正しい物に変えて動かなかったら、
ボードの外付け部か、外付けFDDそのものが壊れているということになってしまうのでしょうかね・・・

そこはかとなく、「フロッピーディスクモード」の問題の様な気が...。既に試されていましたら、申し訳ございませんが、システムセットアップの「フロッピーディスクモード」の「640K(自動)」又は「1M(自動)」は試されましたでしょうか？

＞ウルトラギブンさん
レスありがとうございます。
このスレッドを書き込んだ時点で「1M(自動)」で動作させていました。
先ほど「640K(自動)」も試してみましたが、FDDが１基も認識されませんでした(^^;

ところでこのスレッドとは全く関係がないのですが、A-MATEr'sに書き込まれている方ですよね。
頻繁に覗いておりまして、楽しませて頂いています(^^;

非常に可能性としては低いと思われるのですが...

＞Ap2本体前面にあるジャンパが左側の場合
内蔵FDD一機の場合は「右」、二機の場合は「左」のジャンパをショートさせてそれぞれ認識させますので、内蔵FDD自体の動作はそれで正常と思いますが、念の為にお聞き致します。FDD背面(ケーブルを接続する面)にもジャンパピンがあると思うのですが、一機目を「左」・二機目を「右」にショートされておりますでしょうか？

＞２基目が3.5のはずなのに5incと認識され使えません。
＞当然外付けFDDは認識もされていません。
使用されているOSが不明ですのでこれも念の為にお聞きしたいのですが、「LASTDRIVE」の設定はされていますでしょうか？

...殆ど、ゴミレスですねぇ。(T_T)

＞ところでこのスレッドとは全く関係がないのですが、A-MATEr'sに書き込まれている方ですよね。
うふふ、それはヒ・ミ・ツぁばっ!(x_x)☆○＝(^^;dokya
コホン...。そうです、私が変なオジサンで...(x_x)☆＼(^^;baki
いあ、そうでなくて、その通りです。^^

＞頻繁に覗いておりまして、楽しませて頂いています(^^;
いつも、くだらない事ばかり書き込みしてすいません。
これからも宜しく御願い致します。<(_"_)>

＞ジャンパについて
１機目「左」２機目「右」となっています。

＞OS、LASTDRIVE
OSはMS-DOS5.0A-HとWin95が入っています。
LASTDRIVEはDOSについては「Q」で設定してありますが、Win95では特に指定していません。
でも、指定してあるDOSでも認識されていません。

FDDケーブル、なかなか見つかりません/-;

＞A-MATEr's
私も書き込んでみよっかな(^^;

としますと、あと考えられますのは、皆様の仰る通りケーブルかボードという事になりますねぇ。可能性極薄ですがFDDが実は壊れていた。あるいは、最初から「AD-F51L」には専用のFDボードが必要で「PC-9821A2-E02」が使えないとか...。

なるべくお金が掛からない方法で解決できないかと思っていたのですが、お役に立てず申し訳御座いません。<(_"_)>

＞私も書き込んでみよっかな(^^;
御待ち致しております。^^