＞5Vと12Vが来ていますがここにコンデンサなどを入れた方がいいのでしょうか？
電源のインピーダンスを下げる意味でいれるべきでしょう。０．１μＦの積層セラミックコンデンサと１０μＦ程度のケミカルコンデンサを並列に入れておけば十分です。また、グラウンドパターンは、できる限り広くしておきます。
＞R32とC73、C74といった抵抗とコンデンサが見つかります。 これも入れた方がいいのでしょうか？
これについては、ＶＸのデータシートを 見ていないので、判りません。

＞スルーホール基板製作環境に潜り込むことが出来そう
あぁ、いいですねぇ(^^)。両面基板で、余白な部分にGNDに広いものを作って下さい。バイパスコンデンサ用のパターン（穴）は、作っておくに越したことはないですが、１個増やすとどの程度コストに影響するのでしょうね。

安定動作を望むのでしたら４層基板にするべきです。

４層基板って両面に比べて、かなりコストが違うんではないでしょうか？

倍以上（３〜４倍かな？）します（笑
ですけど、ＧＮＤと電源のパターンが内層で広く取られていると明らかに安定しますんで。

４層は手間が凄いですが安定性は抜群です。高周波の世界では大変ありがたいものです。
手間を惜しんで３層版という手もあります。内層に信号線を入れる方が安定しますが、内層ベタグランドでも反対側からの回り込みが無いのでありがたいです。もうクロック100Mの世界はデジタル信号でもアナログ屋でないとまともに通せない世界になってます。
重箱の隅ですが、「基盤」ではなく「基板」です。よく間違われるので(^^ゞ

肝心のコンデンサの話。
コストを余り気にしないのならＯＳコンをそれぞれ入れましょう。５Ｖ以下では100uF、12V系では、10uFぐらいです。並列に0.01uFぐらいの積層セラコンを入れると完璧です。

うわ、４倍もしますか(汗。ちょっとマジになり掛かっているので、ついコストが気になって…(^^;。PCI増設基板だとスロット間の横渡し配線くらいしかないので、両面基板の片面べたGNDにするも、４層基板にするも、対ノイズでは大差ないと思うんですが、せっかくの４層にするなら、全部の信号ラインを両表面に半分ずつ振り分けて、なるべく線間を空けるようにしたらいいかもしれませんね。

今回の場合の４層はどちらかと言うと対ノイズよりも電源の安定化ですね。
☆クロックラインの安定化には当然有利ですけど。

あぁ、ボーナスで基板起こそうとしたのに先にやられてしまいました（試作してから言え＞俺
ところで、これは一部98ユーザが血眼になって探している、Cバスに納まる逆向きライザなのでしょうか？(^^;

マザー側のCLKをそのまま使うのなら、CLKバッファの電源強化(効果のあるコンデンサ追加)もしておいたほうが無難です。5v/12v系はささるpciボード側でそれなりに対策しているはずなので、それほど高周波領域でのインピーダンスがそれほどシビアになることは無いと思います。搭載出来るならしといたほうが良いですが、あまり高容量を入れないほうがベター。そこまでの配線抵抗のせいで電源オン時にそれが影響してちゃんと電圧立ちあがってくれないから・・・それよりpciボードに乗っていると思われるそこそこ容量の大きいコンデンサが電圧オン時にちゃんと電圧立ちあがってくれるようにグランド・電源とも太くするほうが先決かと・・・
試作ならあらゆる場合を想定してこんなのまずいらないよなという実装ランド用意しといたほうがいいと思います、万が一のことを考えて5V/12V系を電源から直接供給できるようにしておくとか・・・

＞ペンチアムさん
　内側（Ｃバス）向きライザー試作したことあります。ただ…動作結果はあまり思わしいモノではなかったんで、ホームページ等には報告してません。ごくまれに、内蔵LAN経由でコピーしたファイルにデータ化けが見つかるんですよね(^^;。
　PCIクロックは、やっぱり横取りするのはせいぜいもう１本までだけです。しかも延長は極力短くないとだめです。というわけで、「マザーボードに一切ハンダゴテを入れないで使える」ようなものを作るとすると、せいぜい１本しか増えないというあまり面白くないものしかできないです。