>今現在IDEを本体に繋ぎ直すと動作するのでドライブの故障とは考えにくいです。

マニュアルに書いてますが、IFC-USP-M2はHDDを付属のフォーマッターでIFC-USP-M2に接続した状態でフォーマットしなければ使用出来ないはずで、この状態(IFC-USP-M2使用可状態)のHDDを内蔵の標準IDE-IFに接続して使用する場合もまた(今度は普通に)フォーマットし直す必要があります。
と言うことで、フォーマットしていなければフォーマットし直してください。

それと私のWDC32100Hは単独接続ではCS(ケーブルセレクト)に設定しないと認識すらしない仕様のようですが、WDC22100?ではどうでしょう?

　IFC-USM-M(2)につなぎ変えた場合は、添付ソフトにある、パラメータ変換プログラム（名前失念）を使わないといけません。まずは取り扱い説明書を読みましょう。普通は、つなぎ変えたらまったくＯＳは起動できないはずです。

あっ、まりもさんの言う通りでした。
フォーマット後にGOSCSI.EXEを起動ドライブにコピーして起動ドライブで実行する必要があります。
マニュアルにはIFCに接続して使用する際にはフォーマットが必要とありますが、フォーマットしなくてもGOSCSI.EXEを実行するだけで使用出来る事もあります。
トラブルを避ける場合はフォーマットした方が良いと思います。
逆の場合は再フォーマットが必要です。
DOS6.2でもIFCにHDD(マスター)+ATAPI CD-ROM(スレーブ)という接続で使用可能なので、完全に内蔵IDEを削除するとIRQを１つ空ける事が出来ます。

返答ありがとうございます
私の説明不足でした
ソフトでHDDを変換しないと使えないという話ですが
変換するためにFDで起動してるんですが不正な割り込みで止まってしまうんです
だから今のところどうしようもありません

あとケーブルセレクトってどうやって設定するんですか？
手元にあるHDDの説明書には書いてないです

　起動FDの問題ですか…。確かに、不正なディスク装置やパーティションがあると、MS-DOS 6.2は起動できないことがあります。Windows9xをお持ちでしたらその起動FDを使用して下さい。

返答ありがとうございます
またまた説明不足でした
一応PCIセットアップディスクは立ち上がるし設定できるので
Win95なら問題ないのかと思って一応起動ディスクで試してみたんですが
画面が真っ黒のまま止まってしまって駄目でした
起動ディスクはOSR2で作ったものでPCIセットアップディスクは
たぶんOSR1だと思いますがそんなことまで関係するのかな？

ついでに後で今入ってるWin98で起動ディスク作って試してみます

私の説明も解りにくかったかも知れませんが、マニュアルをもっと良く読んでください。GOSCSI.EXEを起動ディスクにコピー後に起動ディスクで起動してGOSCSI.EXEを実行するように書かれているはずです。
また、詳しい手順は付属のフロッピー内のREADME.TXTに書かれていますので、そちらをよ〜く読んでくださいね。

どうも説明不足が多くてすみません
DOSで実行しようにもコマンドプロンプトまで行くことが出来ないんです
途中で割り込みエラーで止まってしまうために・・・

起動ディスクにはMSDOS.SYS,IO.SYS,COMMAND.COM しか入っていない状態で
それでコマンドプロンプトまで行かないんでどうしようもないです

初めて書き込みします、いつもはＲＯＭだけなのですが少しお役に立てそうなので。

FD起動できない場合の対処方法は、ドライバーディスクＦＤ内のGOSCSIREADME.TXTに
説明が有ります。内容は、変換するHDDだけを元のPC側に接続して(IFC-USP-M2は取外す)、
FD起動ディスクで起動し GOSCSI /M と入力してHDDパラメーターを変更後、IFC-USP-M2
を取付けて(HDDはIFC-USP-M2へ接続)、あとは GOSCSI だけで変換出来るみたいです。

どうもありがとうございます
どてちんさんに言われてから読み直してみて初めて意味が分かりました
OSが起動できない時ってそう言う意味だったんですねぇ

一応各種バージョンのOSの起動ディスクで試したところOSR1の起動ディスクなら
そのままで起動できたのでバックアップ取ったあと今変換させてます

どうもみなさんありがとうございました

度々すみません
問題なくなったと思ったら変換したHDDで起動するとWindows保護エラーで
起動中に止まってしまいます
いろいろ調べてもWin98にはパッチも当てる必要もないみたいだし原因が分かりません
OS入れ直さないとダメなんでしょうか？

　コマンドプロンプトのみで起動して１度フォーマットしないとそうなります。（バックアップとってるんですよね。）私もその問題で一時間ほど悩みました。

起動エラーですが、これもREADME.TXTに注意事項として先にIFC-USP-M2のドライバーを
正常に組み込んでおけと指示が出ています。ノーマル状態でのドライバーインストールは
完了してから変換作業をしないといけないようですけど。

この保護エラーですが一度セーフモードで立ち上げてから
コントロールパネル＞システム＞デバイスマネージャー＞ディスクドライブで
必要の無いHDDドライブを削除した後、再起動で解決しませんか？

HDDの転送速度によりデータ化けが起きているのならば、IFC-USP-M2の転送速度を
(JP4オープン)落としておいてドライバーを組み込み正常動作後元の速度に戻すと良いです。
接続ケーブルは、ATA66用の80芯フラットに交換しておいた方が安定します。

あと起動画面は、出ないようにしておいた方が保護エラーが出にくいです。
予想ですが、変換作業中にWindows使用のファイルの属性を変更されたかもしれないのでWindowsディテクトリ
とSystemディレクトリのファイル属性をチェックしてみてください。
起動中に止まるのならばログファイルは取れますよね、原因はそこからも探れると思います。

お約束の対策ですが、CPUを元に戻してみる、SCSIカードの設定を同期転送から非同期等に変えてみる、ケーブルがノイズを拾っているかもしれないので対策をとる、周辺機器を外して最小構成で試す・・・駄目ならフォーマット、再インストール、でしょうね。