これは、MGA1064SG用のディスプレイドライバが、ビデオ信号を内部ルートで出力するように、スイッチを設定してしまっているからです。ドライバへのパッチをするか、抜いちゃだめカードからのビデオ信号を、マザーボードのしかるべき所に注入するかしかないでしょう。後者については、詳しくは書いてませんが、私は G8YVZ-Bマザーで行なっています。内蔵GAである CL-GD5446との切り替えを行なうスイッチがあるんですが、この手前で、1064SGカード経由とGD5446経由とを切り替えるゼロオーム抵抗があります。これを移設1064SG側にすれば、ビデオ信号をカードから引っぱり出さず友OKでした。その他の9821マザーの場合でも、同様に内蔵GAを持っている機種なら、その出力と置き換えればなんとかなるでしょう。

>まりも様
G8XZT_A5Aボードののっぺりした穴無しPCI金具？に穴をあけて15PINコネクタを取り付け、MGA-1064SG-Dのチップ端子から直接ビデオ信号を取り出し、モニターに接続していますので、マザーボード内の切り替えは使っていません。
もしかしたら、実験したXa7/10/12,V200ではGAボードPCIコネクターの予約端子A9.B10,A11,A14,B14をマザーボード側で接地しているかもしれないため、1064SG-Dからの信号が短絡されているのかもしれません。
シンクロスコープで信号出力を個別にチェックするしかなさそうですね。

＞短絡されているのかも
あぁ、それはあり得ますね。はじめ、機種名が書かれていなかったのでとくに書きませんでしたが、もし「抜かないでグラフィックボード」が入っている機種に「出力なしMGA-1064SGボード」を挿すと、非常に危ないと言えます。ビデオ信号として使っている線は、マザーボード側ではＣバスブリッジなどに到達していますから。実験する場合は、「出力なしMGA-1064SGボード」のPCIコネクタ側のパターンをはがして絶縁しておくべきでしょう。