一応私が2D+3D兼用のアクセラレーターだと書いてますが(汗)
何故あのボードが特殊なのかって事なら通常の2D(+3D)のグラフィックアクセラレーター(GA)は外部にコネクタを持っていてそこから信号を出力します。
ところがV三桁デスクトップ(型番により仕様が異なるので質問の時は面倒でも型番は全て書きましょう。)のMGA-1064SGはそれがありません。
つまり内部の本体出力まで信号を引いてます。・・・・通常のPCIに追加でその為の信号線を引いているために純粋なPCIでは無くなっているのです。
ですが通常の98用PCIボードはその信号線を無視する為に使用可能なんですね。
抜いてしまってもスタンダードディスプレイアダプタが有りますから起動は出来ますが性能はセーフモードと変わらない状態ですから実用的と言えず他のGAを使うわけです。

窓で使用するグラフィックボードです。これがないと640x400しか表示できなくなります。
　# 640x480はできたかな。

＞ＭＧＡ−１０６４ＳＧは何ですか
グラフィック表示用のカードです。
確か、抜かないでボードは、PC-98独自のグラフィックコントローラー（640ｘ400の256表示の）が、統合して載っているはずなので、抜いての起動はできないと思いました。少なくとも、V200/M7H(無印)は起動できませんでした。

追記、回答有り難うございます、型番V200S7Dです。

では抜いても構いませんが、間違っても V200/M7（タワー）用の似た奴をここに挿さないで下さい（たぶん持ってらっしゃることはないと思いますが）。それ以外の通常のPCIカードはOKです。

＞確か、抜かないでボードは、PC-98独自のグラフィックコントローラー（640ｘ400の256表示の）が、統合して載っているはずなので、抜いての起動はできないと思いました。少なくとも、V200/M7H(無印)は起動できませんでした。
タワー型のＶ３桁シリーズのMGA1064SGは抜いちゃ駄目だったような気がしますが。（タワー型の物だけPC98のチップが搭載されているので、取り外したら起動できない筈だったかなと。）