AT互換機用のそれは、ケーブル途中で一回ひねりが入っていますので一目瞭然です。
ひねりのないものを探してください…とかければいいのですが、実際には98用のFDDケーブルを単品で売っていることは滅多にないです。つまり、世の中で売っているFDDケーブルはまずAT互換機用です。

あと、A-MATE以前のもの（電源4pinコネクタが独立していないもの）の場合は根本的に違います。

DOS/V用のケーブルでも2ドライブ用のものなら使用できます。
つまりペンチアムさんの言われるひねりのきいた第1ドライブ用ではなく、第2ドライブ用を使用するわけです。余分な部分がじゃまなら切り取ってしまえば良いです。
実際私も中古パーツで組み上げたV13で使用しています。
注意する点は、ケーブルの長さと接続する時にM/B側のPin番号とFDD側のPin番号があっているか確認することぐらいですか。

　PC-98用のFDDケーブルは、市販されてませんが、市販のAT互換機の2ドライブ用を流用可能です。おさ坊さんも書かれてますね。
　PC-98用FDDケーブルでもそうなんですが、間違っても切り欠き（突起）を信用しないことです。
M/BとFDDに書いてある１番と１番を接続するようにすることです。これをせずに切り欠き（突起）だけで判断して多くの方が失敗してます。
　PC-98純正FDDケーブルではコネクタの関係からM/B側とFDD側を間違って取り付け、ケーブルの突起で判断して取り付けると逆接続となります。　

IDEケーブルは市販の物が使用可能です。

お、AT用でもひねりのない側を付ければいいのですね。参考になります。
＃試したことはなかった…

>AT用でもひねりのない側を付ければいいのですね

ちょっと頭をひねれば・・・（ゴミ