4GBのFAT16を作る方法はあっても問題が多いのでお勧めできません。ところでFAT32では98TVがダメというのは、一つでもFAT32領域があるとだめということなんでしょうか？それとも、Windows起動ドライブがFAT32ではダメということなんでしょうか？

A:の98TV(インスタントTV)がある部分がFAT16である必要があるので他はFAT32でも構わないですよ。
ただFAT32を使うためにWin98(SE)にすると色々98TVをフルスクリーンにすると不具合が出たりするので面倒もあります。
この不具合はNEC側も良く解っていないのか対応パッチがあるらしいという報告があるのですが問い合わせ先によって回答がまちまちなようです。
またWin95とWin98(SE)のデュアルブート環境で使い分ける事も可能ですがWin95側からFAT32の領域が使えないのでビデオキャプチャするならFAT16の領域を取っておく必要がありますね。

OSを、サポートしているOSであるWin95またはWin98と仮定して・・・。
2GByteまでしかく区切れないのは、Win95やWin98のFAT16の仕様ですから無理です。WinNT4.0のFAT16なら、64KByteクラスタのFAT16を使用して4GByteまで区切れましたが、FAT16をサポートする殆ど(?)のOSではWinNT4.0で作った「64KByteクラスタのFAT16」は正常に(おそらく全く?)アクセスできません(ひょっとしたらWin2Kはアクセスできるかも)から、諦めて2GByteで区切るか、98TV等を捨てて、Win98に移行してFAT32で区切るしかないですね。
それとも、サードパーティー製のツールで、「Win9Xで使用可能な2GByte越えFAT16」を作れWin9Xでアクセスできるツールってありましたっけ?あるのならこちらも教えて欲しいのですが・・・。
注：NTや2Kの話を出しましたが、Ct20では非サポートOSなので、自己責任でどうぞ。

しまった。ゆっくり書いてたらかぶってしまった。まりもさん、4GByteのFAT16って、どうやって作るのでしょうか?もしやWinNT4.0?

WindowsNT4.0だと4GBまでFAT16でパーティションが作れましたが、Windows98を別ドライブにインストールしようとして問題が発生したため結局使うのを諦めました。仕方なく今は通常のFAT16での限界である2GBのパーティションにNT4.0を入れて使っていますが、今となっては手狭で仕方ありません（T_T）。

市販のパーティション管理ツールとかでは無理なのかな？