> どこで「DISKINT」を行うのでしょうか？
Fdisk を行う前です。

> パーティションを作成する場合1つのパーティションが25%以内じゃないといけないのでしょうか？
その様な事は有りません。
ですが、Win95 の場合１パーティションの最大値が２ＧＢまでです。（ＯＳによる制限）
Win95OSR2 以降で有れば FAT32 がサポートされていますので大きなパーティションが欲しいのでしたら Win98SE の導入をお勧めします。
(PC-98用 Win95OSR2 は市販されていませんので購入は出来ません)

Ct20の場合はノーマル状態でシステムインストールディスクのバックアップを取り、そのバックアップに対して内容の変更を行う必要があります。＜一応別の起動可能なOSがお持ちならば変更後でも可能です。
そしてWin95、98(SE)に限らずA:がFAT16で確保されていないと付属のアプリで不具合が出ます(インスタントTVなど)のでFAT16でA:を確保する事をお勧めします。＜B:以降はFAT32でも問題ありません
それで今回の場合ですが、システムの再インストールではなく元のHDDを内蔵I/Fに繋げてWin95を立ち上げてIFC-USP-M2を使用可能にして、8.4GBのHDDも使用可能にします。
そして元のHDDから8.4GBのHDDに対して内容をコピーする事で環境を移行出来ます。＜元のHDDを外すのを忘れずに、、
最後にシステムインストールディスクのバックアップを書き換えとインスタントTVを使用するためのQRSETUPを実行したらOKです。
これらの内容は過去ログやCanBe系のページに詳しく載っているので詳細はそちらをごらんください。

過去ログ検索サービス
http://www.cham-reo.com/logsearch/
CanBe系では「マルチメディア工房」が参考になると思います。＜内容はCt16ですがほぼ共通です。
こちらはリンクフリーなのか解らなかったので検索エンジン等で検索してください。
「マルチメディア工房」で探すより「CanBe」をキーワードにしてCanBe系のページからリンクを探す方が楽だと思います。＜他のCanBeのページも参考になりますし、、