ん〜、２点目だと例えば、Xv20の方はＧＡがMGAのミレの親分（みたいな？）で、Xa20の方がトロいデント（たしか）なんじゃなかったかな、と思います。チップセットも違うのかな？

２点目　Ｘｖ２０　　　タワータイプ　　　　使えるＰＣＩ×３、Ｃバス×４　空きの５インチベイ×２、
　　　　Ｘａ２０／Ｗ　デスクトップタイプ　同　　　　　×２、同　　×３

　98対応製品（だいぶ少なくなったが）、を使う限りでは差が無いはずです（BIOSを書き換えれば2.1になるとか）。Xv20はほとんどリビジョンが2.0ということです。

Xv20とXa20の違いはNANAYAKUさんが書かれているように主としてGAと拡張性の違いです（Xv20は5インチベイが3つと3.5インチベイが2つありますが、Xa20は5インチベイが1つしかありません）。GAもXv20はMGA-2064W（Millennium相当のボードをPCIスロットに標準搭載）でVRAMが4MBと、標準の描画速度や解像度・発色数の点ではXa20に優っています（ビデオカードをパワーアップする場合は関係なくなりますが）。

ＰＣＩ２．０については、多機能カードが使えないという噂を聞いたことがあります（ＥＤＧＥ３Ｄとか）とりあえず、私の初代Ｘｔ（ＰＣＩ２．０）ではピポらず。でも、箱に書いてあった対応機種がすべてＰＣＩ２．１かどうかわからないので、あまり信憑性はないです。

９８はＰＣＩ２．０が多いようです。（Ｘシリーズ）
４３０ＨＸのようにマザボがＰＣＩ２．１対応でもＢＩＯＳレベルで２．０に落として
いると聞いたことがあります。
９８において２．０も２．１もほとんどかわらないようです。

Xa20/Wの方がPCI2.1と表示されているんですか、その表示のされ方は羨ましいかも。一応、Xa16/Wも2.1である筈なのですがMikan Seijinさんの言われているようにBIOSレベルで押さえてあるという話も聞きますが、2.1対応のボード等は問題なく動作することが多いようです。（PC98対応、未対応含めて）カノープスのキャプチャーボードがXa/Wの対応を歌っていたのは此のお陰と言えると思いますが。（でもHXだったからかな？）

多くの方々からのご指導感謝します。もうひとつ不明な点は「VRM」ソケットがついていますかどうか。
ファイルベイにディスクを増設する時は、ファイルベイ用のデイスクの横に取り付ける金具が必要ですか。

X*/WならばどれもVRMソケットがあったはずです。
ファイルベイにHDDをつけるときも金具が必要です。