私はCt16ですがHK6-MS333-N2000(366MHz駆動)やN3+K6-III/450にIFC-USP-M2を+DPTA-353000+Voodoo2使ってますが電源はそのままでも問題無く使えてますよ。
電源交換は不具合を確認してからでも良いのでは？(まぁ稀に電源不足によってHDDが逝く事もありえますが)

IFC-USP-M2とデフォのSCSIカードの交換はそれほど問題無く出来るでしょうが問題はHDDの交換ですね。
一度もバラした事無いなら外すネジの多さとバラす手順に悩む事になると思います。

パーティションの切り方の注意点や再インストール時やインスタントTV(98TV)の不具合回避や環境移行に付いては過去ログに有りますのでそちらをご覧下さい。

すみません。当たり前のことをお聞きしますけど、パーティションの切り方は過去ログから
検索して分かりましたが、そのタイミングがよく分からないのですが？
HDDを換装した後か、ＯＳインストール後なのか・・。
ご教授願います。

HDDのパーティションはHDDを換装した後で行います。
９８専用ＨＤＤでなければ「ＤＩＳＫＩＮＩＴ」を行い初期化してから「ＦＤＩＳＫ」でパーティションを作成し、再起動をかけた後「ＦＯＲＭＡＴ」コマンドで初期化します。

個体差によりますが電源不安かもしれませんよ。
K6-IIIが大食らいなのはご承知のとおりでしょうが、IFC-USP-M2はATAPI機器を２台安定動作させるために消費電力をIFC-USP-Mよりも引き上げたと聞いています。
それとM2付属のケーブルは長いのでノイズ対策をしたほうがよいと思います。

＞消費電力をIFC-USP-Mよりも引き上げた
う〜ん、リビジョンの違いによって消費電力の違いはあるかも知れませんがMとM2の違いは2つ(Mの後期型とは1つ)のチップが違うだけなので消費電力にそれほど大きな違いは無いと思いますよ。
K6-IIIの件はどのような方法で載せかえるかによりますが下駄+CPUという購入法でしたらK6-IIIではなくIII+にして消費電力を抑える手もあります。

一応、取り説で確認したところ、最大消費電力がMが3W、M2が10Wのようです。

あれ？マニュアルのどこに消費電力のっているのでしょう・・・・調べようとしてPKのマニュアルも含めて見ましたが見つけられなかった(汗)
メルコのページで確認したところでは両者の記述がMは電源電圧が5Vで最大供給電力が600mAとなっていてM2は電源電圧が5Vで消費電流が最大2.0Aとなっていますね。
ボード自体の消費電力が上がっていたとしても増設機器分が含まれているでしょうから数値ほどに開きは無いと思いますよ。

公式　Ｗmax＝ＡＶmaxです。平均は√２Ｗですが。
Ｋ０１さんはちゃんと使えているようなのですがＶ３桁機で電力不足が原因と思われるトラブルがあったもので、一応保険はあったほうがよいかと。

＞公式　Ｗmax＝ＡＶmaxです。
いや、Wを求める公式くらいはいくら私でも解ってます。(^^;

え〜とですねぇ、私が多分大丈夫だろうとする根拠ですが、MからM2になった事によるボード自体の消費電力が増加したのではなく(多少はしてるかもしれませんが)Mの供給電力+SDATスレーブの機器への供給電力が上乗せされた分(+マージン)も含めての10Wへの増加でしょうから哲さんのようにCPUをK6-III(これ自体は400MHzの正式対応製品があるので電源問題もクリアと考えて大丈夫、それ以上のクロックになると別ですが、、)にしてSCSIボードを純正からIFC-USP-M2(これは動作保証外ですが動作報告多数有り)、HDD交換をしても元の環境から大幅に消費電力が上がるのはCPUのみですから増設と違い電源への負担は少なくて済みます。
Ct16や20の改造を扱っているページでもこの組み合わせによる電源問題ってのは見ないですしね。
もちろん私も上で書いているように平等院鳳凰さんの仰る保険の意味はあると思いますがV3桁機ほど心配する必要は無いと言う事です。＜そもそもCt20はV3桁と性質は違いますし、、

>そもそもCt20はV3桁と性質は違いますし、、
そういえばCt16はPCIｘ１ですし、いろいろ違いましたね。自分の扱ったマシンでもないのにさしでがましいまねをしてしまいました。・・・今度Ct16買ってみるか。

Ct16はPCIは2本ありますよ。
Ct20は2本のうち1本にSCSI-2のボードが標準で刺さってます。

＞今度Ct16買ってみるか。
Ct16は良いです。
Ct20と違いTV出力はありませんがインスタントTVやキャプチャは中々に凄いです。＜ビデオキャプチャは内蔵I/FのHDDでは実用的ではないですが高速HDD環境では良い感じですよ。