ライトキャッシュがOFFに設定されていないでしょうか。ONになっていないと、Writeは低くなりますが。

参考）
HDBENCH 2.61
Ra20/N30 + Win98SE
SCSI H/A = SC-U2PS
HDD = SEAGATE ST318451LW Rev 0002
Read Write Memory Drive
39083 37925 43381 A:10MB

SCCTL で確認しましたが、Caching のWrite Cache は EnableでＯＮになっています。
他に設定するところがあるのがあるのでしょうか？

セカンドキャシュメモリーを使用していますか。なければそんなものです。
参考に私のDDYSのベンチです。機種Xa20/W SC-UPU2Wでつぎのとおり。
ALL 浮 整 矩 円 Text Scroll DD Read Write Memory Drive
7414 0 0 0 0 0 0 0 32507 26805 0 C:10MB

速度だけ見た感じだとUltraWideで動いてるように見えますね。LVD対応ケーブルとLVD対応ターミネータ
使っていますか？　まずBIOSのメニューから見てLVD転送できているかどうか確認すると良いと思います。
LVD転送できているなら、デバイスのところにDDYS-T18350N(LVD)と表示されますが、そうでない場合は
DDYS-T18350N(MSE)と表示されている筈です。

翁さん
＞セカンドキャシュメモリーを使用していますか。なければそんなものです。

MATE-Rですので、W型番や山猫機と違ってCPUやCPUオンダイのセカンドキャッシュよでは書き込み速度は
殆ど変化なしです。CeleronでもPentiumIIIでも、出るべき数字はちゃんと出ます。

私のRa20/N30もDDYSで起動してます（9G版ですが）。
DDYS-T09170N＋SC-U2PSなら、初期化直後でこんな感じです。

★ ★ ★ HDBENCH Ver 2.610 ★ ★ ★
使用機種 Ra20/N30
Processor Celeron 497.4MHz [GenuineIntel family 6 model 6 step 5]
解像度 1024x768 65536色(16Bit)
Display [X]スタンダード ディスプレイ アダプタ (9821 シリーズ)
Display [X]PC-9821 TGUI968x,Cyber938x,Providia9685 (Trident)
Display PC-9821: GA-SV4 Series Bus Master Driver
Memory 261,380Kbyte
OS Windows 98 4.10 (Build: 2222) A
Date 2000/10/22 5: 1

SCSI = I-O DATA SC-UPCIシリーズ

AB = SEAGATE ST39103LW Rev 0001
CD = SEAGATE ST39173LW Rev 6246
E = IBM DDYS-T09170N Rev S80D
F = GENERIC NEC FLOPPY DISK
G = MATSHITA PD-2 LF-D100 Rev A120
Q = MATSHITA PD-2 LF-D100 Rev A120

ALL 浮 整 矩 円 Text Scroll DD Read Write Memory Drive
8709 0 0 0 0 0 0 0 34362 35309 0 E:10MB

Cheetah(ST39204LW)と同じ程度の性能かな。DDYSは私が好んで使うIOI-A100U2Wと相性が大変悪いので
（接続するとシステムの起動も出来ないです（汗　）、私としての評価はいまいち・・・（苦笑）

私の知りうる限り、最近のUltra2/Ultra160対応HDDでSC-U2PCI系（UPU2やU2PS）と相性が悪いものは
存在しませんね。とは言っても、私も
Atlas10K II,AtlasV(以上、Quantum)
DDYS-T09170N,DNES-39170W(LVD),DNES-39170Y(以上、IBM)
ST39204LW,ST39103LW,ST39236LC,ST39173LW(以上、Seagate)
MAG3091MC,MAH3091MP(以上、Fujitsu)
DK32CJ-18MC(以上、Hitachi)
と１２モデルしか試してないですが・・・

Kameさん下のスレッドでMATE-RとW型番の違いが解りました。W型番ではセカンドキャシュいやサードキャシュとゆうべきか、それを利用しないと、ライトの値がなぜか16000ほどになります。確認したディスク「DMVS.ST39103LW.DDYSとアトラス10K2」です。512Kのサードキャシュに効果はあまり期待していなかったのに。

DDYS-T18350N(LVD)と表示されてるので、ＬＶＤ転送はできているようです。
みなさんのはＲ／Ｗともに同じように速度出ていますね。
ケーブルが悪いのかな、それとも以前質問したようにＰ３で実際はセカンドキャッシュが有効になっていないのかな、なぜ速度でないの．．．。（ＴＯＴ）

そんなにＬ２が心配でしたら WCPUID などで調べればすぐに判ります。
それと、ＨＤＤのパーティションはどの様に分けているのでしょうか？
☆１パーティションでファイル・フォルダ数が異常に多いとＦＡＴ３２はかなり遅くなります。

Ｌ２は確認済みなので有りになっています。（WCPUIDとＨＤベンチの最新版）
Ｗ型番の情報とノートンシステムワークス２．０のシステム情報でもＬ２無しだったので少し不安になっただけてす。（取り越し苦労みたいですね）
ＨＤＤのパーテーションは１パーテーションで１８Ｇで使用しています。
Ｒ／ＷはＷｉｎｄｏｗｓ９８ＳＥのインストール直後の物です。

Kameさんもご説明なさっていますが、Mate-XのW型番でL3が無いと転送速度が低下する問題は、Rainを常駐させると解決します。
また512KB L3(L2)がある状態でも、Rainの常駐の有無で数値は変わってきます。
私は今までL3無しで運用してきたのですが、最近50円で買った512KB L2が無事に動作したのでそれを装着して運用しています(^^)

確かにWriteの値が低いですね。何回か測定しても同じなのでしょうか？
また空っぽの状態だとどうなのかな？（フォーマット直後）
もしかしたらケーブル等の問題かもしれませんね。同じ環境で別のHDDで問題無ければDDYSが悪いということになるでしょうけど・・・
ウチでもSC-UPU2とDDYS-T09170Nの組み合わせで運用してますが問題ないですしねぇ。
一回SCCTLでWrite CacheをOFFにして測定してみて、再度ONにして測定したときに数値の変化はあるのでしょうか？もしOFFできちんと速度低下していれば問題ないでしょうね。
あとは他のベンチマークで測定してみるとか。（HDBENCHの3.22とかその他のベンチで）