全然外してるかも知れませんが電源かも知れません。
私の場合、Xa9でK6-III400MHz(PL-K6III+Windy)、GA-VDB16/PCI、SC-UPCI、PD-R、LANボード、サウンドボード、SeagateST39102LW(SCSI10000RPMHDD)、メモリ128MB
のような構成で使用していて電源が壊れマザーも道連れにしました。
私もWindows2000で使用していたのですが落ちないことを良いことに、
殆ど24時間電源入れっぱなしのフル稼働で使用していました。
最初はセカンドキャッシュメモリが壊れ（これはHDDとCPUの熱で壊れたかも？）
その後、HDDに頻繁にアクセスするとブルーダンプ、強制リセットなどの症状が現れ、
原因が分からず構わず使用していたところ症状が現れる頻度が高くなって行きました。
CDやFDなどにアクセスするだけでリセットしたり、最後はちょっとした振動でも現れるようになりました。
最終的にOSが起動しなくなり、再インストールを試みたのですがWin2kのファイルをCDからコピーし終わって、
リセットする以降で必ずハングアップして壊れている事に気が付きました。
そのXa9に付いていた電源を他の山猫機に繋いでみたところOS起動途中で止まった為に、
電源が壊れてると思ってジャンクの電源を買ってきて交換したのですが、
結局同じところでコケて電源と一緒にマザーも道連れにしてしまったようです。
R-Mateって使ったことがないしどんな電源が載っているかも分からないので、
違ってたらごめんなさい。
残念ですが私はこれでPC-98に別れを告げて雷鳥Athlonを組みました。
他の方には末永くPC-98を使って欲しいので少しでも参考になればと思って書いてみました。今から考えると元々付いていたPen90が10W程度に対してK6-IIIが30W程度+(Windy)
ST39102LWも最大で25W程度も電気を使うことを考えると無茶な使い方をしたと悔やまれます。

セレス さんどうもありがとうございます。

私も電源は疑っているので、電源を換えようとは思っています。
しかし解せないのが、SC-UPCI+DDRS-39130WからUIDE66+DJNA305020に変えただけで不安定になるところです。
HDDの回転数が7200から5400に下がっているので消費電力は下がっているはずなのだが・・・

　Ｒａ２０／Ｎ１２であったらその手のトラブルはだいたい電源のようですね。
　どこでどれだけ電源を食ってるかは私も最近Ｒａ１８／Ｎ２０を買ったばかりなのでいまいちよくわかってないのですが。
　もしＰｅｎｔｉｕｍＰｒｏでも同様の障害が出るということであったら残ってるデバイスが何か悪さをしてるのかと考えましたが、戻したら直ると言うことはやはり電源容量かと考えるのが自然ですし。
　ＤＥＬＴＡ製の容量の大きいものを買ってこられて試されるのが一番良いと思います。

電源なら中央線ガード下のラジオガーデンでDELTAの300Wが1500円でありました。
コネクタが、SSIなのでATXにも差せますが、MBの電源コネクタ周りにコンデンサ等があると若干の改造が必要ですが・・・