私は、当該機種をずっと愛用していますが、以前似たような状態で運用していました。
自分はやりませんでしたが、ベースクロックのアップは、耐性が低いのでやらない方が無難です。(成功している方も居るようですが。)
ちなみにCPUにアクセスするには、増設HDDを全て外す必要があります。 まず正面パネルを外し(本体左側面上部の切り欠きの中のねじを外し、前面パネルを右に寄せ、下端を軸に前に倒す)、中にある金属パネルを外す(ねじを8本くらい外す)とHDDが取れます。 詳細はうちのページでどうぞ。
http://www.asahi-net.or.jp/~wi2t-iigy/