解決策ではなくて申し訳ないです。
私の場合、過去に同様の現象を買ってきたばかりのHDDで体験しました。
その時は 初期不良かと思い、購入店にて返品し 別メーカのHDDを買うことでやり過ごせました。「後々に聞いた話だと相性かも知れない？」との事ですが、その場合HDDは初期不良など 動作に支障が出るような 故障ではないことになります。まず、HDDを別のPC-98に繋いで バックアップをした後に V13で動作テストを試されると良いと思います。あと、根拠はありませんが、電気が足りてないのかも知れません。他の増設機器を外して 試されてみるのはいかがでしょうか。一つ目のHDDを外して、フロッピィから起動して、HDDにアクセスできるかなども相性（と言って良いモノか..）問題の切り分けになるかもしれません。

電源が足らないというか、電源がくたびれて来ているのかも。HDDのスピンアップは通常の５倍ぐらい電気が入りますのでそれに耐えられなくなった可能性があります。
増設ボードなどを抜いて見てそれでHDDが起動するかどうかです。別のマシンに移してみるのも切り分けとしては切り分けとしては有効です。

レスありがとうございます。
FAXモデムのボードと4.3GのHDDを外して試してみましたが（HDDの音と振動より）回転しているけど認識されていないし、全くアクセスされません。
ラジオやテレビはたたいたら直った事があるけどHDDをたたくわけにはいかないし...
バックアップを取っておけば良かったと後悔しています。

うちのXc１３につないでる、マクスターも変な動きをします.通常どうりに起動し、WINDOWSを終了すると全く認識しなくなります。電源をいれっぱなしで、暫く、ほおっておいてリセットを掛けるとなぜが全くモータ音のしなかったHDが動き始め何も無かったように起動します.
原因は不明ですが、一度動き始めると、windowsを終了するまで動いています。いろいろしてみましたが症状は改善されていません。

>HDDをたたくわけにはいかないし...
HDDも駆動系のデバイスですので、最後の手段としてHDDに「渇」入れしてみるのも手です。ヘッドがどこかにくっ付いている場合効果があるかも知れませんよ。

↑ほんとに最後の手段ですがどうしようも無いときやると上手く行くこともあります。
私も何回かやりましたが（復活の確率は２０％くらいかな？）コツとしてはＨＤＤをしっかりと持って１０cmくらいの高さからやや斜め方向動かし気味で底面を水平にして、押しつけるような感じで机とかにたたくと上手く行く場合があります。（あくまでも参考です。やりすぎると二度と帰ってこれなくなります。）
ただ、これをやる前に出来る限りの動作のチェックはしてください。

上の書き方ですと、ＩＤＥのような気がしますが、
ＩＦは何をつかっているのですか？？

メモリースイッチの設定をリセット（ＢＩＯＳリセット）して、
メモリースイッチで内蔵ＨＤＤを使用するに設定
私の記憶ではこれがＯＦＦだと、
回転した後止まるハズ・・・Ｖ２００ですが、